Um 1000 v. Chr. siedelten sich Illyrer auf dem Gebiet des heutigen Albanien an. Sie gründeten das Reich von Shkodra (heute Skutari). In dieser Zeit ist das berühmte Butrint entstanden, dessen Theater oben zu sehen ist. Nach der Vorherrschaft Makedoniens, die die Illyrer (und den Rest der Balkanhalbinsel) unterwarfen, wurde das Gebiet ab 167 v. Chr. Teil der römischen Provinz „Illyricum“. Nach der Teilung des Römischen Reiches 395 n. Chr. gehörte das Land zum Oströmischen Reich, dessen Hauptstadt Byzanz (das spätere Konstantinopel bzw. heutige Istanbul) war. Neben dem römischen Recht und einer römischen Verwaltung dominierten die griechische Kultur und Sprache.
In den nächsten Jahrhunderten geriet das Gebiet des heutigen Albanien unter verschiedene Einflüsse: Ab 600 n. Chr. drangen slawische Stämme ein, im 9. Jahrhundert die Bulgaren. Im 11. Jahrhundert eroberten die Normannen Gebiete an der Küste, im 12. Jahrhundert gehörten Teile im Westen zum Königreich Sizilien. Im 13. Jahrhundert fiel der Norden des Landes an Venedig, der Süden gehörte weiter zum Byzantinischen Reich. Um 1400 gründeten sich mehrere kleine Fürstentümer, die sich ab 1443 unter Führung von Fürst Gjergji Castriota, genannt Skanderberg (1403-1468), gegen die Bedrohung durch das Osmanische Reich vereinten. 1468 wurde das Gebiet von den Türken (Osmanen) eingenommen, viele der Albaner nahmen in der Folgezeit den islamischen Glauben der Besatzer an.
Im Laufe des 19. Jahrhunderts kam es zu ersten nationalen Bewegungen, die die albanische Sprache wiederentdeckten und mehrere Aufstände gegen die osmanische Vorherrschaft anführten. 1910 brachten die Aufstände die türkischen Truppen erstmals ernsthaft in Bedrängnis. Während des Ersten Balkankrieges wurde 1912 von einem albanischen Nationalkongress die Unabhängigkeit Albaniens ausgerufen, die ein Jahr später von den europäischen Großmächten auch anerkannt wurde. Bereits 1914, als der Erste Weltkrieg ausbrach, wurde das Land erneut besetzt, diesmal von österreichisch-ungarischen Truppen, 1916 von Italien.
Im Januar 1920 wurde die Souveränität Albaniens vom Völkerbund erneut anerkannt, die Italiener mussten ihre Truppen abziehen. Nach jahrelangen Machtkämpfen im Land ergriff 1925 der Großgrundbesitzer Ahmed Zogu die politische Macht in Albanien und rief die Republik aus. Zu diesem Zeitpunkt lebten rund 800 000 Albaner im Land, Hauptstadt war Tirana. Ahmed Zogu wurde Ministerpräsident, und erklärte sich 1928 zum König von Albanien. Durch seine Abmachungen mit Italien geriet Albanien in starke wirtschaftliche und politische Abhängigkeit von diesem Land. 1939 wurde Albanien von den Truppen des italienischen Führers Mussolini besetzt und mit Italien vereint. Der albanische König Zogu I. floh ins Ausland.
Die sich während des Zweiten Weltkriegs bildenden nationalen Widerstandsbewegungen gegen die italienischen und deutschen Besatzer wurden kommunistisch dominiert, führend war die Partisanenorganisation unter dem Kommunisten Enver Hoxha, der auch Gründer der Kommunistischen Partei war. Nach dem Abzug der Besatzungstruppen im November 1944 gelang es seiner Organisation, eine Regierung zu bilden, die von der UdSSR und von Großbritannien und den USA anerkannt wurde. Hoxha begann mit dem Ausbau einer sozialistischen Volksrepublik nach sowjetischem Vorbild. Als diktatorischer Regierungschef und Parteivorsitzender ging Hoxha ein Jahr später eine Zoll- und Währungsunion mit Jugoslawien ein, die 1949 nach dem Bruch Jugoslawiens mit der Sowjetunion wieder beendet wurde.
1955 trat Albanien dem als Gegengewicht zur NATO gegründeten Warschauer Pakt bei. Durch die Entstalinisierung verschlechterten sich die Beziehungen zwischen Albanien und der Sowjetunion Ende der 50er Jahre, 1961 brach Hoxha mit der UdSSR und intensivierte die Kontakte zur Volksrepublik China. Durch chinesische Wirtschaftshilfe wurden in Albanien die Schwerindustrie und die Landwirtschaft ausgebaut. Ab 1967 wurde jegliche religiöse Betätigung in Albanien verboten, Kirchen und Moscheen zerstört, Geistliche inhaftiert. Albanien schottete sich vom übrigen Europa hermetisch ab, 1968 trat es nach dem Einmarsch von Truppen des Warschauer Pakts in die Tschechoslowakei auch aus dem Warschauer Pakt aus.
In der zweiten Hälfte der 70er Jahre brach die albanische Führung auch den Kontakt zur Volksrepublik China ab, damit war das Land vollkommen isoliert. Erst als der diktatorische Führer Enver Hoxha im April 1985 verstarb, öffnete sich das Land unter seinem Nachfolger Ramiz Alia (bis 1992) vorsichtig gegenüber den westlichen Staaten.
Ende der 80er Jahre kam es in Albanien zu schweren Unruhen aufgrund der katastrophalen Wirtschaftslage und der politischen Veränderungen in den sozialistischen Staaten Osteuropas. Regierungschef Ramiz Alia leitete daraufhin erste demokratische Reformen ein und privatisierte Teile der Landwirtschaft. Das Religionsverbot wurde aufgehoben und die Bildung politischer Parteien zugelassen. Die Demokratische Partei Albaniens (PDS), die erste oppositionelle Partei, gewann im März 1991 und 1992 die ersten freien Wahlen in Albanien. Die nun eingeleiteten radikalen Reformen hin zu einer freien Wirtschaft führten zunächst zu einem Zusammenbruch des Wirtschaftssystems im Land. Aufgrund der schlechten wirtschaftlichen Situation flohen Tausende von Albaner aus dem Land, vor allem nach Italien und Griechenland.
Albanien schloss in den 90er Jahren mit verschiedenen Ländern (Türkei, Bulgarien, Griechenland) diverse Bündnisverträge, während sich die Beziehungen zum Nachbarland Jugoslawien durch die seit Beginn der 70er Jahre anhaltenden Auseinandersetzungen um den Kosovo, in der die Mehrheit der Bevölkerung Albaner waren, äußerst schwierig gestalteten. 1993 spitzte sich der Konflikt wegen der Unterdrückung der Kosovo-Albaner erneut zu. In Richtung Westen suchte Albanien die Anbindung an die Europäische Union und die NATO.
1997 führte der Zusammenbruch mehrerer Kapitalanlegegesellschaften, bei dem viele Albaner ihre gesamten Ersparnisse verloren, zu schweren Unruhen in verschiedenen Städten Albaniens. Der Regierung wurden schwere Vorwürfe gemacht, sie weigerte sich aber zurückzutreten. Bei den darauf folgenden Straßenschlachten und Krawallen kamen über 1600 Menschen ums Leben. Tausende von Albaner verließen wiederum das Land, zahlreiche internationale Hilfsorganisationen und UN-Truppen waren im Einsatz.
Bei Neuwahlen im Juli 1997 ging die Sozialistische Partei als Sieger hervor. 1998 war Albanien mit Abstand das ärmste und am schlechtesten entwickelte Land Europas. Zu den internen wirtschaftlichen Problemen kam von außen die Gefahr eines drohenden militärischen Konflikts mit Serbien, was die albanische Regierung dazu brachte, NATO-Truppen zu Hilfe zu rufen. Das albanische Militär verfügte nur über sehr wenig Waffen und war nicht in der Lage, seine Landesgrenzen zu verteidigen. Im Gegensatz dazu gab es große Waffenbestände bei der zivilen Bevölkerung, die aus Plünderungen von Polizei- und Militärdepots stammten. 1998 bestätigte die albanische Regierung erneut die Bereitschaft, NATO-Truppen für Interventionen in der Krisenregion Kosovo auf albanischem Staatsterritorium zu dulden.
Ende 2000 hatte Albanien erstmals durch die direkte Förderung westlicher Industriestaaten ein deutliches Wirtschaftswachstum zu verzeichnen. Dennoch gehört der landwirtschaftlich geprägte Staat im europäischen Vergleich nach wie vor zu den ärmsten Ländern. 2001 vereinbarten Albanien, Bosnien-Herzegowina, Bulgarien, Jugoslawien, Kroatien, Makedonien und Rumänien mit Wirkung zum Jahr 2003 eine Freihandelszone.
Der Europarat stellte 2006 fest, dass Albanien inzwischen sein Verhältnis zu den Nachbarländern verbessert habe und auch gegenüber dem Kosovo eine konstruktive Politik betreibe. Nichtsdestotrotz forderte das Parlament erneut Unabhängigkeit für den von Serbien faktisch schon abgelösten Kosovo, der sich am 17. Februar 2008 dann auch von Serbien loslöste. Als einer der ersten Staaten erkannte Albanien die Republik Kosovo nur einen Tag später offiziell an.
Albanien, das bereits 2006 ein Stabilisierungs- und Assoziierungsabkommen mit der Europäischen Union (EU) abgeschlossen hatte, trat 2009 zusammen mit Kroatien der NATO bei. Im gleichen Jahr reicht es einen Beitrittsantrag bei der EU ein. Seit dem 24. Juni 2014 ist Albanien offizieller EU-Beitrittskandidat.